El enfoque metodológico de este encuentro se basa en el formato de innovación llamado hackatón, proveniente del sector de la programación de software. La palabra nace de la unión entre hacker y maratón, que se caracteriza por la generación de soluciones innovadoras a retos de un sector específico, y tiene elementos como el diseño de soluciones generadas por expertos del sector a través de una carrera entre equipos en tiempos muy cortos.

El diseño de la Eduhackatón: Desafíos en la protección de las trayectorias educativas, está adecuado para el sector educativo y organizado para brindar prácticas estratégicas que fortalezcan la gestión del sistema escolar en todos sus niveles y posibiliten las condiciones para que los recorridos de los niños, niñas y adolescentes estén vinculados al sistema educativo y a las oportunidades que este brinda.